W tej sekcji prezentujemy usługi i narzędzia, które udostępniamy w infrastrukturze PLGrid w wyniku współpracy z naukowcami reprezentującymi wybrane dziedziny nauki. Mamy nadzieję, że opracowane specjalistyczne usługi pozwolą na usprawnienie i zautomatyzowanie pracy naukowców i grup badawczych.
Pełna lista usług już wdrożonych ...
Zapraszamy wszystkich zainteresowanych wykorzystaniem tych usług do założenia konta w Infrastrukturze PLGrid.
Akustyka
Aero-akustyka wirnika śmigłowca (AKU-H) – usługa skoncentrowana jest na numerycznej detekcji źródeł hałasu związanych z pracą wirnika nośnego śmigłowca w warunkach zawisu. Więcej...
Aerodynamika wirnika śmigłowca (AERO-H) – usługa ułatwia prowadzenie analiz numerycznych pola przepływowego związanego z pracą wirnika nośnego śmigłowca w warunkach zawisu. Więcej...
Aerodynamika wirnika turbiny wiatrowej (AERO-T) – usługa ułatwia prowadzenie analiz numerycznych pola przepływowego związanego z pracą turbiny wiatrowej o osi poziomej. Więcej...
Baza Danych Projektowych (BDP) – usługę stanowi portal internetowy, mający na celu udostępnienie użytkownikom PL-Grid bazy danych numerycznych (rezultaty symulacji) oraz eksperymentalnych (wyniki pomiarów), uzyskanych podczas koordynacji europejskich projektów, badających oddziaływania fali uderzeniowej z warstwą przyścienną w przepływach około- i naddźwiękowych. Więcej...
Mapy hałasu – usługę stanowi aplikacja do generowania map hałasu w środowisku aglomeracji miejskich na podstawie danych dostarczonych przez użytkownika. Mapa obliczana jest przez modele źródła oraz propagacji hałasu dla danych wejściowych zawierających opis geometryczny obiektów infrastruktury miejskiej oraz parametry ruchu drogowego. Usługa jest przeznaczona dla użytkowników związanych zawodowo z akustyką urbanistyczną, jak również specjalistów z zakresu medycyny pracy, fizjologii i patologii słuchu oraz elektroakustyków i projektantów budowlanych. Więcej...
Słuch – usługa umożliwia oszacowanie skutków słuchowych wywołanych na skutek zadanych warunków ekspozycji na hałas. Do realizacji tego celu wykorzystano nowatorskie metody obliczeniowe (tzw. dozymetrię psychoakustyczną). Usługa umożliwia określenie charakteru czasowego przesunięcia progu słyszenia (ang. Temporary Threshold Shift, TTS) dla danego rodzaju hałasu i w konsekwencji – dokładne określenie stopnia zagrożeń słuchowych dla zadanych warunków akustycznych. Więcej...
AstroGrid-PL (Astrofizyka)
Astro-data – usługa jest przeznaczona dla użytkowników, którzy pracują z dużą ilością danych (naukowych, archiwalnych, przeznaczonych do obróbki, etc.). Pozwala ona na ich bezterminowe i bezpieczne przechowywanie. Daje indywidualnym użytkownikom dużą przestrzeń dyskową oraz udostępnia narzędzia pomocne w zarządzaniu danymi. Zawiera wbudowane narzędzia do obsługi metadanych oraz replikacji, udostępniania i rozproszonego przechowywania/współdzielenia plików w oparciu o sprawdzoną warstwę pośredniczącą iRODS. Więcej...
Astro-pipelines – usługa pozwala na automatyzację zadań złożonych typu pipeline, a więc powszechnie spotykanych w astronomii. Bazuje ona na środowisku workflow – Kepler, w którym tzw. pipeliny są tworzone graficznie poprzez łączenie aktorów (elementarnych cegiełek wykonujących określone zadanie) przy użyciu kabli (które transportują dane). Kepler ma wbudowaną bibliotekę ponad 400 aktorów (np. 'wyrażenie matematyczne', 'czytnik danych tabelarycznych', 'kod Java', 'skrypt Python', 'narysuj wykres'). Usługa rozszerza funkcjonalność Keplera poprzez: dodatkową bibliotekę aktorów 'astronomicznych', gotowe do użycia pipeliny oraz trzy rozwiązania upraszczające jego używanie. Więcej...
InSilicoLab for Astrophysics – usługa ma na celu wsparcie uruchamiania złożonych astrofizycznych eksperymentów obliczeniowych w Infrastrukturze PL-Grid. Pozwala na przygotowanie niezbędnych danych wejściowych (tj. modułów zadających warunek początkowy i parametry symulacji) dla wspieranych kodów obliczeniowych, wysłanie przygotowanych zadań do infrastruktury obliczeniowej i ich uruchomienie, a następnie zebranie plików wynikowych i ich wstępną analizę. Eksperymenty tej usługi ułatwiają przeprowadzanie symulacji numerycznych bez konieczności własnoręcznej i często bardzo skomplikowanej kompilacji kodów astrofizycznych. Więcej...
Polskie Wirtualne Obserwatorium – Wirtualne Obserwatorium (ang. VO – Virtual Observatory) jest inicjatywą środowiska astronomicznego koordynowaną poprzez IVOA, która ma na celu integrację wszelkich danych, zasobów i usług astronomicznych w jednym ekosystemie informatycznym. Usługa Polskie Wirtualne Obserwatorium jest pierwszym polskim wkładem do tego ekosystemu. Mając na celu stworzenie bazy do dalszego rozwoju VO w Polsce, dostarczamy infrastrukturę kilku centrów danych VO wraz z pierwszymi zestawami danych oraz wsparciem technicznym przy publikacji kolejnych danych. Ponadto, w ramach tego projektu podjęliśmy olbrzymie zadanie zeskanowania klisz archiwalnych przechowywanych w polskich jednostkach naukowych. Skany są udostępniane jako dane publiczne w usłudze Astro-data oraz stopniowo będą opisywane i publikowane w VO. Więcej...
Środowisko gridowe dla projektu LOFAR – usługa przeznaczona jest dla osób redukujących dane interferometryczne uzyskane za pomocą obserwacji wykonywanych interferometrem radiowym LOFAR. Usługa pomaga w przygotowaniu danych do redukcji (np. flagowanie), ich kalibracji, oraz wykonania map radiowych. Na usługę składają się dedykowane skrypty do optymalizacji poszczególnych kroków obliczeń oraz obsługa obliczeń wielowątkowych dla oprogramowania LOFAR. Więcej...
Bioinformatyka
Analiza Danych Genetycznych – usługa pozwala na uruchomienie sekwencji programów służących do analizy danych bioinformatycznych uzyskanych z sekwenatora genomowego. Programy, które mogą zostać uruchomione w kaskadzie zadań przetwarzających dane, to: GS Run Processor, GS Reference Mapper, GS Reporter, GS Assembler, BLAST. Przygotowanie obliczeń (podanie odpowiednich parametrów) odbywa się w graficznym kliencie środowiska UNICORE (UNICORE Rich Client). Usługa skierowana jest przede wszystkim do naukowców dysponujących sekwenatorem genomowym GS FLX (454 Life Sciences). Więcej...
Analiza Danych Genetycznych II – usługa umożliwia uruchomienie sekwencji programów służących do analizy statystycznej wyników uliniowienia wielu sekwencji. Programy uruchomiane w kaskadzie zadań to: Clustal Omega i R. Przygotowanie obliczeń (podanie odpowiednich parametrów) odbywa się w graficznym kliencie środowiska UNICORE (UNICORE Rich Client). Więcej...
Składowanie Danych Genetycznych – usługa przeznaczona dla wszystkich użytkowników, którzy chcieliby w bezpieczny sposób, długoterminowo, przechowywać duże ilości danych na zasobach dyskowych rozproszonej infrastruktury obliczeniowej. Archiwizacja danych oparta jest o usługę Platon U4, która zapewnia trwałość danych przechowywanych w kilku kopiach geograficznie rozproszonych w celu zapewnienia niezawodności. Ponadto, dane przesyłane w ramach usługi Platon U4 są szyfrowane, zapewniając poufność danych użytkowników gridu. Dane przechowywane są z zapewnieniem odpowiedniego poziomu bezpieczeństwa i kontroli dostępu. Więcej...
UNRES – symulacje struktury i dynamiki białek przy użyciu podejścia scalonych reszt (UNited RESidue) opartego na fizyce oddziaływań. Usługa UNRES jest przyjazną dla użytkownika realizacją pakietu modelowania gruboziarnistego białek, opartego na polu siłowym UNRES opracowanym w wyniku współpracy grupy prof. Adama Liwo z Wydziału Chemii Uniwersytetu Gdańskiego oraz grupy prof. Harolda A. Scheragi z Cornell University, USA. Dzięki znacznemu uproszczeniu reprezentacji łańcucha polipeptydowego przy jednoczesnym ścisłym związku wyprowadzonego pola siłowego z fizyką oddziaływań symulacje są przyspieszone od 1000 do 10000 razy w stosunku do obliczeń w reprezentacji pełnoatomowej. Adresatami usługi są biofizycy, biologowie molekularni i bioinformatycy, zainteresowani symulowaniem zmian strukturalnych, dynamiki i termodynamiki dużych układów białkowych w czasie rzeczywistym. W szczególności usługa będzie przydatna dla badaczy, którzy chcą wykonać wspomniane wielkoskalowe symulacje białek, natomiast brak czasu nie pozwala im na zapoznanie się z uruchamianiem zadań bezpośrednio na serwerach przy użyciu systemu kolejkowania. Więcej...
Biologia
BioKepler – usługa składa się z kilku elementów: dostarczane jest całe wirtualne środowisko pracy dostępne poprzez zdalny desktop: maszyna wirtualna uruchomiona na zasobach chmurowych, a na niej zainstalowany zestaw popularnych narzędzi i aplikacji bioinformatycznych oraz oprogramowanie BioKepler. BioKepler jest modułem platformy zarządzania naukowymi scenariuszami obliczeniowymi – Keplera, który służy do uruchamiania zestawu narzędzi bioinformatycznych w rozproszonych środowiskach obliczeniowych takich jak PLGrid. Użytkownik może tworzyć całe scenariusze obliczeniowe (ang. workflows lub pipelines), składające się z wielu kroków, a poszczególne komponenty mogą być uruchamiane na różnych zasobach obliczeniowych. Usługa jest przeznaczona dla biologów i bioinformatyków. Więcej...
Chipster – usługa jest implementacją popularnego środowiska zarządzania zadaniami pozwalającego na uproszczone uruchamianie analiz bioinformatycznych na zasobach obliczeniowych PLGrid. W ramach usługi szczególny nacisk położony został na udostępnienie możliwie dużej liczby narzędzi związanych z analizą danych pochodzących z eksperymentów opartych o metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Wykonywanie analiz z użyciem usługi Chipster oparte jest o wygodny interfejs dostępny w formie aplikacji Java, pozwalający na intuicyjne zarządzanie danymi, narzędziami oraz wynikami. Wbudowane moduły wizualizacji pozwalają na przejrzystą i efektywną analizę wyników. Usługa jest przeznaczona dla biologów i bioinformatyków. Więcej...
NGS-Galaxy – usługa jest implementacją popularnego środowiska zarządzania zadaniami pozwalającego na uproszczone uruchamianie analiz bioinformatycznych na zasobach obliczeniowych PLGrid. W ramach usługi szczególny nacisk położony został na udostępnienie możliwie dużej liczby narzędzi związanych z analizą danych pochodzących z eksperymentów opartych o metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Wykonywanie analiz z użyciem Galaxy oparte jest o wygodny interfejs dostępny w formie serwisu internetowego, pozwalającego na intuicyjne zarządzanie danymi, narzędziami oraz wynikami. Wbudowane moduły wizualizacji pozwalają na przejrzystą i efektywną analizę wyników. Usługa jest przeznaczona dla biologów i bioinformatyków. Więcej...
Vector NTI – usługa jest przeznaczona dla biologów prowadzących badania nad kolistymi DNA, w tym dla tych, którzy w swoich badaniach wykorzystują plazmidy. Oprogramowanie Vector NTI Express jest zintegrowanym, wielofunkcyjnym pakietem aplikacji do analizy sekwencji DNA, RNA i białek. Jest uznawane za jedno z najlepszych tego typu narzędzi dostępnych obecnie na rynku, które zapewnia dobrą integrację, zarządzanie danymi i skalowalność Oprócz tego oprogramowanie Vector NTI Express posiada bardzo intuicyjny interfejs użytkownika. Więcej...
Chemia i fizyka
InSilicoLab for Chemistry – usługa ma na celu wsparcie uruchamiania złożonych eksperymentów obliczeniowych chemii kwantowej w Infrastrukturze PL-Grid. Pozwala na przygotowanie danych wejściowych (w tym serii plików o wspólnej strukturze) dla wspieranych programów kwantowochemicznych, wysłanie przygotowanych zadań do infrastruktury obliczeniowej i ich uruchomienie, a następnie zebranie plików wynikowych i ich wstępną analizę. Eksperymenty tej usługi ułatwiają planowanie sekwencyjnych schematów obliczeniowych, wymagających przygotowania serii plików z danymi, bazujących na wspólnym schemacie. Usługa przeznaczona jest dla osób wykonujących obliczenia kwantowochemiczne na tego typu zestawach danych. Więcej...
Chemia obliczeniowa
Baza danych spektroskopowych MOOSE (Molecular Optical spectrOscopy databasE) – gromadzi dokładne dane eksperymentalne dotyczące stanów wzbudzonych cząsteczek (energie wzbudzeń elektronowych, potencjały jonizacji, powinowactwa elektronowe, parametry strukturalne cząsteczek) oraz wyniki referencyjne uzyskane metodami obliczeniowymi chemii kwantowej. Oprócz prostego przeszukiwania, baza umożliwia dokonywanie porównań między danymi doświadczalnymi a obliczeniowymi i uzyskiwanie podstawowych informacji statystycznych. Usługa przewidziana jest dla badaczy pracujących nad zagadnieniami z zakresu spektroskopii molekularnej i fotochemii. Z jednej strony ma ułatwić wybór odpowiedniej metody kwantowochemicznej (lub jej wariantu, np. funkcjonału w metodach DFT) pozwalającej na uzyskanie dostatecznej dokładności obliczeń dla badanej klasy cząsteczek. Z drugiej strony, usługa ma dostarczyć wiarygodnych referencyjnych danych eksperymentalnych niezbędnych do wykonania testów badaczom rozwijającym i walidującym nowe metody obliczeniowe. Więcej...
Complex networks
Przetwarzanie dużych zbiorów danych – usługa umożliwia realizację zadań obliczeniowych dla bardzo dużych zbiorów danych lub też wielu bardzo małych zadań w jak najkrótszym czasie. Budowane środowisko umożliwia złożone analizy i obliczenia w takich problemach jak: analiza wydźwięku dla danych tekstowych, przetwarzanie języka naturalnego, analityka marketingowa i analiza danych konsumenckich, przetwarzanie sieci złożonych, w tym np. sieci społeczne, sieci ekonomiczne, sieci transportowe, uczenie maszynowe i wspomaganie decyzji. W ramach usługi można także dokonywać wizualizacji otrzymanych wyników badań. Przykładem takich wizualizacji mogą być grafiki prezentujące słowa nacechowane pozytywnie czy negatywnie (im większy rozmiar czcionki danego słowa tym bardziej pozytywne / negatywne jest dane słowo). Więcej...
Syndykacja danych – usługa jest przeznaczona dla wszystkich badaczy i naukowców, którzy są zainteresowani pozyskiwaniem dużych zbiorów danych z mediów społecznościowych. Usługa umożliwia zbieranie danych z serwisu społecznościowego Twitter oraz portalu publicystycznego Salon24, a także oferuje funkcję AnnotationHelper, która pozwala na opisanie zbiorów danych dodatkowymi atrybutami – poprzez ręcznie adnotowane klasy. Całość usługi pozwala na uzyskanie wartościowych zbiorów danych użytecznych do badań nad sieciami społecznościowymi. Zbiory danych są przechowywane w jednolitej strukturze danych, która zapewnia kompatybilność z innymi usługami platformy Complex Networks. Więcej...
Udostępnianie zbiorów danych (repozytorium Complex Networks) – usługa jest uzupełnieniem usług syndykacji i przetwarzania dużych zbiorów danych. Dane pobrane za pomocą usługi syndykacji są automatycznie dodawane do repozytorium. Dzięki temu użytkownik w prosty i szybki sposób może uzyskać dostęp do cyfrowych danych, których pobieranie zlecił. Dodatkowo, umieszczenie ich w repozytorium daje możliwość odwoływania się do nich w publikacjach i innych pracach naukowych. Dostęp do danych udostępnianych w ramach usługi pozwala na szybką i łatwą weryfikację hipotez będących wynikiem prac badawczych oraz porównywanie między sobą kolejnych opracowywanych metod. Więcej...
Ekologia
Obserwacje Fenologiczne – celem usługi jest umożliwienie ciągłego, zautomatyzowanego monitoringu wybranych ekosystemów pod kątem obserwacji pojawów oraz zmian faz fenologicznych. W ramach usługi uruchomiona została stacja obserwacyjna na terenie Wielkopolskiego Parku Narodowego, w pobliżu szkółki leśnej i referencyjnego pola uprawnego. W ramach stacji zainstalowane zostały: stacja pogodowa, aparat fotograficzny oraz inne elementy infrastruktury (maszt, router wifi, czujki i kamery alarmowe). Usługa dostępne jest dla użytkowników przez portal internetowy. Za pomocą specjalnie przygotowanych portletów możliwe jest przeglądanie wykresów wybranych parametrów pogodowych z zadanego przedziału czasowego oraz przeglądanie wykonanych zdjęć fenologicznych z wybranych scen. Więcej...
Obserwacje Nasion – celem usługi jest ciągły monitoring warunków panujących w pomieszczeniach oraz kontenerach używanych do przechowywania nasion oraz informowanie użytkowników w przypadku wykrycia anomalii. W ramach usługi na terenie przechowalni nasion w nadleśnictwie Łopuchówko zainstalowany został zestaw czujników oraz niezbędne elementy infrastruktury, takie jak sieć oraz zasilanie. Dane zbierane w wyniku działania sensorów wysyłane są do serwera głównego oraz składowane w bazie danych. Dostęp do zbieranych danych jest możliwy na portalu "Obserwacje Nasion". Uprawnione osoby są również w stanie konfigurować działanie systemu – modyfikować typy sensorów, zmieniać ustawienia wyświetlania typów danych, ustawiać wartości alarmowe, powodujące przesłanie alertów do zainteresowanych osób. Więcej...
Energetyka
ModWEEL – usługa, w której sektor wytwarzania energii elektrycznej został odwzorowany na poziomie pojedynczych jednostek wytwórczych w godzinowej rozdzielczości czasowej (8760 [h]). Za jej pomocą można prowadzić krótkoterminowe symulacje funkcjonowania sektora wytwórczego w zależności od przyjętych danych i założeń. Niewątpliwą zaletą jest przyjazny interfejs dla użytkownika – przygotowanie danych scenariuszowych w arkuszu kalkulacyjnym Excel, a także łatwe zlecanie obliczeń i otrzymywanie wyników. Potencjalnymi użytkownikami usługi mogą być pracownicy i studenci wyższych uczelni technicznych (w szczególności kierunków energetycznych) oraz przedstawiciele jednostek i urzędów zajmujących się sektorem wytwarzania energii elektrycznej. Więcej...
OPTiCoalMine – usługa przeznaczona jest do optymalizacji produkcji w podziemnych kopalniach węgla kamiennego stosujących ścianowy system eksploatacji. Opracowany model obliczeniowy umożliwia odwzorowanie planowanych robót eksploatacyjnych w kopalni lub grupie kopalń węgla kamiennego z uwzględnieniem aspektu ryzyka związanego z procesem wydobywczym. Zaprojektowany algorytm ewolucyjny (oparty na programowaniu ewolucyjnym z selekcją elitarną) umożliwia wybór najlepszego wariantu prowadzenia robót ze względu na wybrane kryterium. Więcej...
πESA – celem usługi jest umożliwienie przeprowadzania zintegrowanej analizy rozwoju polskiego systemu energetycznego. Usługa umożliwia użytkownikom budowanie scenariuszy energetycznych poprzez określenie ich głównych założeń. Dla opracowanych przez użytkowników scenariuszy energetycznych usługa dostarcza różnego rodzaju informacji, dotyczących m.in. bilansów nośników energii, kosztów, wykorzystanych technik konwersji energii, emisji zanieczyszczeń, ich atmosferycznej dyspersji, wielkości ich stężeń i depozycji na obszarze Polski z wybraną rozdzielczością horyzontalną oraz ich wpływu na zdrowie ludzkie i środowisko. Następnie, uzyskane wyniki są przedstawione użytkownikowi w wybranej przez niego formie np. danych numerycznych, wykresów czy map.. Więcej...
Energetyka jądrowa i CFD
MCB (system Monte Carlo do obliczeń zmian w materii wywołanych promieniowaniem jądrowym) – usługa jest przeznaczona dla osób zainteresowanych analizą i projektowaniem komercyjnych jak i eksperymentalnych systemów jądrowych, ze szczególnym uwzględnieniem energetycznych reaktorów jądrowych. Dzięki usłudze naukowcy otrzymają możliwość modelowania transportu promieniowania neutronowego oraz symulacji zmian w materii wywołanych promieniowaniem jądrowym. Usługa MCB pozwala na szczegółowe odwzorowanie geometrii oraz składu materiałowego danego systemu jądrowego, co stanowi bazę do przeprowadzenia wieloprocesorowych symulacji numerycznych. Zaimplementowane algorytmy pozwalają na przeprowadzenie symulacji związanych z wieloma aspektami pracy dedykowanego systemu jądrowego, co czyni usługę MCB idealną do szczegółowej analizy fizyki złożonych systemów jądrowych. Więcej...
Geoinformatyka
Academic Geo Hub – jest unikalną w skali kraju platformą pozwalającą osobom związanym z polską nauką (w tym studentom) na przechowywanie i udostępnianie wyników prowadzonych analiz związanych z informacją przestrzenną. Ponadto umożliwia ona: wyszukiwanie, pobieranie i publikowanie danych przestrzennych, opisywanie danych za pomocą metadanych oraz powiązanie zbiorów danych. Platforma Academic Geo Hub stanowi centralne repozytorium danych przestrzennych dla obszaru Polski. Łączy w sobie funkcjonalności laboratorium naukowego z portalem społecznościowym. Użytkownicy mogą przez intuicyjny interfejs webowy przesyłać dane i zarządzać prawami dostępu do nich. Więcej...
HEPGrid (Fizyka wysokich energii)
CVMFS – usługa udostępnia katalogi oprogramowania i danych potrzebnych do rekonstrukcji i analizy danych w eksperymentach HEP. Usługa działa na wydzielonych serwerach na zasadzie instalacji wirtualnego systemu plików CERNVM-FS, dostępnego tylko do odczytu i montowanego przez moduł FUSE w lokalnej przestrzeni użytkownika. Dzięki tej usłudze, dostępne są natychmiast wszystkie wersje oprogramowania i wszelkie modyfikacje wprowadzane na serwerach centralnych przy oszczędnym zużyciu lokalnych zasobów dyskowych. Więcej...
Dostęp do archiwów danych HEP – usługa zapewnia zdalny dostęp do plików danych eksperymentów HEP na serwerach dyskowych w Polsce i na świecie, z wykorzystaniem protokołów bezpośredniego dostępu. W chwili obecnej jest to protokół xrootd. Jest to rodzimy protokół dostępu do plików popularnego środowiska analizy danych fizycznych o nazwie ROOT. Dzięki temu analizę można wykonywać bezpośrednio na danych pobieranych z serwerów gridowych, bez konieczności wstępnego kopiowania plików na dyski lokalne. Więcej...
GooFit – usługa udostępnia infrastrukturę obliczeniową dedykowaną do wykonywania masowo równoległego przetwarzania danych przy pomocy GPGPU (ang. General Purpose Graphical Processing Unit) i przeznaczona jest w pierwszej kolejności do wspomagania końcowego etapu analizy danych fizycznych HEP. Biblioteka GooFit wzorowana jest w dużej mierze na dodatku RooFit, który został stworzony w celu ułatwienia procesu dopasowania modeli teoretycznych do eksperymentalnych danych pomiarowych. RooFit stanowi obecnie integralną część standardowej dystrybucji aplikacji ROOT. Pakiet GooFit rozszerza funkcjonalność biblioteki RooFit o możliwość uruchamiania procedur dopasowania na urządzeniach wyposażonych w procesory graficzne zbudowane w oparciu o model masowego równoległego przetwarzania CUDA (ang. Compute Unified Device Architecture). Więcej...
Proof on Demand (PoD) – usługa przeznaczona do prowadzenia końcowych analiz fizycznych HEP. Pozwala na równoległe przetwarzanie danych w środowisku ROOT wykorzystując podział danych wejściowych i ich przetwarzanie przez niezależne procesy oraz zapewnia scalanie wyjściowych wyników. Czas przetwarzania dużych ilości danych może być skrócony o czynnik 1/n, gdzie n oznacza liczbę uruchomionych procesów roboczych PoD. Więcej...
Hydrologia
EvapProg: System prognozowania ewapotranspiracji – System EvapProg oblicza prognozy ewapotranspiracji metodą Penmana-Monteitha w czasie rzeczywistym, w oparciu o prognozy meteorologiczne z modelu mezoskalowego WRF (ang. Weather Research and Forecasting) i aktualne oszacowania indeksu pokrycia liściowego LAI (ang. Leaf Area Index) pochodzące z obserwacji satelitarnych systemu MODIS (ang. Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer). Usługa jest adresowana do hydrologów, meteorologów i specjalistów z zakresu rolnictwa. Więcej...
Prognocean Plus: System prognozowania zmian poziomu oceanu – System Prognocean Plus służy do prognozowania anomalii poziomu oceanu w czasie rzeczywistym w wysokiej rozdzielczości czasowej i przestrzennej. Jest rozszerzeniem istniejącego systemu Prognocean, w porównaniu do którego zawiera wiele nowych rozwiązań technologicznych (obliczenia w oparciu o OpenMPI, baza Rasdaman powiązana z Petascope) oraz, co najważniejsze, gwarantuje prognozy poziomu globalnego oceanu na siatce o rozdzielczości 0,25 x 0,25 stopnia. System Prognocean Plus oblicza co dobę prognozy anomalii poziomu oceanu o długości od 1 do 14 dni w oparciu o cztery niezależne modele empiryczne. System realizuje dwa sposoby udostępniania danych: interaktywny serwis mapowy WMS (ang. Web Map Service) i serwis WCS (ang. Web Coverage Service) dostępny z poziomu przeglądarki internetowej. Oprócz prognoz anomalii poziomu oceanu, system Prognocean Plus oblicza statystyki tych prognoz dając badaczom możliwość oceny skuteczności modeli. Usługa jest adresowana do oceanografów, oceanologów, geofizyków, geodetów i geografów. Więcej...
Life Science
GeneSpring – usługa stworzona w celu udostępnienia użytkownikom Infrastruktury PL-Grid oprogramowania GeneSpring GX firmy Agillent, służącego do analizy i wizualizacji danych ekspresyjnych. Program pozwala poddawać przetwarzaniu dane z mikromacierzy mRNA oraz miRNA, oraz przeprowadzać zintegrowane analizy danych transkryptomicznych, metabolomicznych i proteomicznych. Oprogramowanie zainstalowane jest na maszynie z systemem operacyjnym Windows. Dostęp do tej maszyny realizowany jest za pomocą pulpitu zdalnego (protokół RDP). Więcej...
Platforma integromicznych analiz danych z mikromacierzy DNA – usługa stworzona z myślą o osobach przeprowadzających badania biologiczne z użyciem mikromacierzy DNA. Pomaga analizować informację o poziomie ekspresji genów oraz korelować ją z innymi danymi klinicznymi odnośnie badanych organizmów. Dostępna pod adresem: lifescience.plgrid.pl. Więcej...
Matematyka
DataBank – usługa przeznaczona do równoległego i wielosesyjnego gromadzenia i monitorowania danych do celów analiz matematycznych i statystycznych. Umożliwia zbieranie i przechowywanie danych dowolnego typu. Usługa powstała z myślą o pomocy w zbieraniu danych do badań naukowych. Więcej...
Materiały
VASP Obliczenia – usługa przewidziana jest dla wszystkich osób pracujących z programem VASP i posiadających ważne licencje na ten program. Daje ona możliwość zlecania zadań za pomocą przeglądarki internetowej. Usługa oparta jest o pracę z portalem UNICORE. Dzięki temu rozwiązaniu użytkownik otrzymuje dostęp do infrastruktury jedynie za pomocą loginu i hasła. Usługa umożliwia przyjazne zlecanie zadań dzięki przejrzystemu formularzowi graficznemu. Więcej...
Medycyna spersonalizowana
Diagnostyka molekularna – usługa pozwalająca przeprowadzać zaawansowane, wielostopniowe analizy danych pochodzących z tzw. sekwencjonowania następnej generacji (ang. NGS - Next-Generation Sequencing). W obrębie tej usługi można zarządzać własnymi danymi pochodzącymi z takich eksperymentów badawczych, wykonywać złożone przetwarzanie tych danych oraz współdzielić uzyskane wyniki z konkretnymi współużytkownikami platformy lub z wszystkimi członkami społeczności. Usługa posiada zaawansowane mechanizmy zapamiętywania obecnego stanu oraz tzw. historii analiz, dzięki czemu można łatwo odtworzyć ciąg zleconych analiz w celu np. ponowienia go dla innych danych bądź parametrów wejściowych. Więcej...
MetaBiobank – usługa jest katalogiem informacji opisujących kolekcje próbek biologicznych zgromadzone w biobankach. MetaBiobank jest usługą dla osób, które: 1) szukają materiału biologicznego pobranego od odpowiednich dawców, w celu przeprowadzenia nań własnych badań lub 2) chcą opublikować informacje opisujące próbki zgromadzone w swych biobankach, aby udostępnić je zainteresowanym naukowcom. Usługa publikuje metadane odnośnie kolekcji biobanków, które pomogą użytkownikom zdecydować, czy określone próbki są dla nich interesujące. Więcej...
Metalurgia
CCS Optima – usługa umożliwia symulację i optymalizację procesu ciągłego odlewania stali; wykorzystuje wysokowydajny sprzęt oraz moduł oprogramowania ProCAST. Dzięki temu połączeniu uzyskujemy narzędzie do wiernego odwzorowania zachowania się materiału w trakcie ciągłego odlewania stali. Usługa przeznaczona jest dla osób zajmujących się zawodowo lub dydaktycznie procesem ciągłego odlewania stali, które są zainteresowane optymalizacją procesu poprzez modyfikację parametrów materiałowych lub poprzez zmianę parametrów chłodzenia pasma. Więcej...
Grid Extrusion3d – usługa dotyczy modelowania oraz optymalizacji procesu wyciskania profili; może wspomagać proces projektowania narzędzi oraz technologii. Dzięki zaimplementowanemu kryterium utraty spójności, w ramach tego narzędzia możliwa jest również analiza procesu wyciskania pod kątem pęknięć w wyciskanym materiale. Usługa przeznaczona jest dla grup badaczy, którzy w codziennej pracy spotykają się z problemami technologii wyciskania, jak również skierowana jest do osób, które dopiero zaczynają analizować ten trudny do realizacji proces. Usługa może zostać wykorzystana przez użytkowników systemu MS Windows. Więcej...
MCMicro – usługa zapewnia szczegółową analizę zmian mikrostruktury w wyniku zjawiska rekrystalizacji. Taki wirtualny materiał poddawany jest symulacjom numerycznym procesów obróbki cieplnej, co pozwala szacować własności i stopień bezpieczeństwa rzeczywistego materiału w wyrobie gotowym. Więcej...
ModFEM – w ramach usługi udostępnione jest oprogramowanie do symulacji przepływu ciekłych metali, wykorzystujące równoległą adaptacyjną metodę elementów skończonych. Aplikacja ModFemMet pozwala na modelowanie pola prędkości, ciśnień i temperatury w cieczach, ze szczególnym uwzględnieniem metali. W celu zagwarantowania właściwego odwzorowania właściwości w zależności od temperatury, stosowana jest aproksymacja odcinkami liniowa parametrów materiałowych. Więcej...
SSRVE – w ramach usługi udostępnione jest oprogramowanie dla wygenerowania statystycznie reprezentatywnego elementu objętości (ang. SSRVE – Statistically Similar Representative Volume Element) dla mikrostruktur materiałów. Usługa ta skierowana jest do osób zajmujących się modelowaniem wieloskalowym z wykorzystaniem reprezentacji mikrostruktury metalicznych materiałów dwufazowych. Więcej...
Meteorologia
WRF4PLweb (portal udostępniania prognoz meteorologicznych) – prognozy pogody są przygotowywane z zastosowaniem modelu Weather Research and Forecasting (WRF ARW). System prognoz korzysta z dwóch domen zagnieżdżonych, o siatkach: 12km x 12km, obejmującej Europę, oraz 4km x 4km. Usługa WRF4PLweb prezentuje wyniki prognoz dla domeny o większej rozdzielczości (4km x 4km) obejmującej swym zasięgiem obszar Polski. Więcej...
Nanotechnologie
AuxEx – to platforma informatyczna wspierająca eksperyment. Usługa ta jest przeznaczona dla grup badaczy, którzy w codziennej pracy spotykają się z problemem zarządzania i współdzielenia dużej ilości różnorodnych danych. Jest to oprogramowanie dedykowane, dostosowywane do potrzeb danej grupy. Pozwala na maksymalnie efektywną współpracę w specyficznym projekcie badawczym. Z aplikacji można korzystać zarówno w Infrastrukturze PL-Grid, jak również wdrożyć ją lokalnie na serwerach użytkownika. Więcej...
Portal Nanomechanika – usługa przeznaczona dla osób, które jako podstawowe narzędzie badawcze wykorzystują metody Dynamiki Molekularnej. Usługa dostarcza szeregu narzędzi, w tym: 1) narzędzi umożliwiających przygotowanie i przeprowadzenie symulacji dynamiczno-molekularnej, 2) narzędzi służących do analizy rezultatów symulacji, w szczególności do charakteryzacji struktury materiałów symulowanych numerycznie. Więcej...
Open Oxides
Własności strukturalne tlenków - obliczenia – utworzony portal przeznaczony jest dla osób zajmujących się badaniem właściwości materiałów tlenkowych. Umożliwia w prosty sposób uruchamianie symulacji w programie Quantum ESPRESSO w infrastrukturze PLGrid przez przeglądarkę internetową. Portal przygotowany jest w technologii Responsive Web Design, pozwalając na wygodny dostęp do obliczeń także na urządzeniach mobilnych, takich jak tablet lub smartfon. Więcej...
SynchroGrid
Elegant – usługa przeznaczona dla osób związanych z projektowaniem i obsługą Synchrotronu. Usługa polega na udostępnieniu aplikacji elegant (ang. ELEctron Generation ANd Tracking) w wersji równoległej na klastrze i skonfigurowaniu oprogramowania Matlab do wczytywania produkowanych przez tę aplikację plików wyjściowych w formacie Self Describing Data Sets (SDDS) i generowania końcowych wyników w formie rysunków. Więcej...
Tracy – usługa przeznaczona dla osób związanych z projektowaniem i obsługą Synchrotronu. Usługa polega na udostępnieniu biblioteki i narzędzi Tracy służących do wykonywania obliczeń i symulacji akceleratorów, w szczególności – elektronowych akceleratorów kołowych (synchrotronów). Więcej...
Wirtualny Akcelerator – usługa przeznaczona przede wszystkim dla operatorów oraz osób tworzących oprogramowanie dla Synchrotronu. Dodatkowymi użytkownikami mogą w przyszłości być prowadzący zajęcia oraz studenci zajęć fizyki akceleratorowej. W ramach usługi oferowany jest model systemu sterowania synchrotronu (warstwa Tango) wraz z podstawowym modelem obliczeniowym akceleratora. Modele te mogą być konfigurowane w zależności od potrzeb użytkownika. Więcej...
Technologie przetwarzania metali
ManuOpti – w ramach usługi udostępniony jest hybrydowy system komputerowy, umożliwiający przeprowadzenie symulacji procesów i cykli produkcyjnych przetwórstwa metali z wykorzystaniem możliwości infrastruktur gridowych. Proponowany system komputerowy łączy w sobie funkcjonalność oprogramowania ManuOpti, będącego integratorem programów do symulacji numerycznych, oraz systemu Scalarm, umożliwiającego mapowanie obliczeń bezpośrednio na infrastrukturę gridową, a także zaawansowaną analizę wyników. Więcej...
Zdrowie
Analiza danych obrazowych – AngioMerge – usługa służy do analizy i rekonstrukcji naczyń krwionośnych na podstawie zbioru płaskich zdjęć i sekwencji angiograficznych, wykonanych z wielu punktów widzenia. Udostępnione narzędzie umożliwia synchronizację sekwencji zdjęć zebranych podczas angiografii naczyń wieńcowych dla dalszej, przestrzennej rekonstrukcji naczyń. Dodatkowe informacje zebrane z metadanych plików źródłowych pozwalają na przestrzenną wizualizację analizowanych sekwencji, zgodną z orientacją ramienia C użytego podczas badania. Więcej...
Analiza wizualna – VisNow – usługa umożliwia przetwarzanie i analizę wizualną danych. Jest ona oparta na systemie VisNow, który składa się z ponad setki modułów służących do wczytywania, przetwarzania, analizy wizualnej i wizualizacji danych. Dane te mogą być dostępne dzięki przechwytywaniu sygnału i jego próbkowaniu, jak również mogą być wynikiem eksperymentu lub symulacji. Szeroki zakres dziedzinowy obejmuje m.in. dane medyczne, meteorologiczne, kosmologiczne, wszelkiego rodzaju fizyczne siatki gęstości, temperatury, wektory naprężeń, itp. Więcej...
PSYCHO serwis – celem usługi jest integracja danych medycznych generowanych przez lekarzy psychiatrów oraz wykonywanie obliczeń na Infrastrukturze PLGrid. Usługa składa się z dwóch głównych komponentów: interfejsu użytkownika (portalu dostępowego) i bazy danych, gdzie składowane są wszystkie infromacje nt. badań (ankiety oraz badania genetyczne) pacjentów. Dane medyczne są zanonimizowane. Więcej...
SinusMED – zadaniem usługi jest segmentacja zatok przynosowych z surowych tomogramów głowy (dane CT). Zatoki są dzielone na obszary na podstawie wybranego atlasu (dane wzorcowe), przygotowanego przez eksperta. Przeniesienie oznaczeń z atlasu na dane wejściowe wykonywane jest za pomocą funkcji nieliniowego (odwracalnego) przekształcenia punktów z przestrzeni danych na przestrzeń atlasu. Określenie parametrów tego przekształcenia stanowi główną część programu realizującego zadanie segmentacji. Zwracany atlas jest przekształcany do przestrzeni danych wejściowych i może zostać bezpośrednio naniesiony na surowe dane wejściowe. Więcej...
