Bioinformatyka
Tematyka
Jednym z kluczowych obszarów bioinformatyki jest modelowanie zjawisk związanych z aktywnością makromolekuł. Dostarczenie zestawu narzędzi pozwalającego z dużą wydajnością prowadzić badania w tej dziedzinie pozwoliłoby zespołom pracującym nad rozwojem metod i ich zastosowań w badaniach biologicznych podnieść jakość tych badań.
Grid tematyczny z zakresu bioinformatyki ma istotne znaczenie dla badań w zakresie farmakologii i biotechnologii, w szczególności dla projektowania leków in silico. Ma więc obok znaczenia poznawczego głęboki sens praktyczny poprzez zastosowanie w medycynie.
Rezultatem prac prowadzonych w tym gridzie dziedzinowym będzie uniwersalnie dostępny zestaw narzędzi bioinformatycznych umożliwiających prowadzenie badań w dziedzinie biologii molekularnej. W szczególności dotyczy to identyfikacji białek i przewidywania ich roli w procesach biologicznych. Narzędzia te zostaną utworzone na bazie istniejących i stosowanych w wiodących polskich laboratoriach bioinformatycznych metod i modeli do przewidywania struktury przestrzennej białek, przewidywania oddziaływań makromolekuł biologicznych z innymi makromolekułami oraz z drobnocząsteczkowymi związkami chemicznymi.
W ramach tego gridu tematycznego:
- stworzone zostaną narzędzia do składowania i analizy eksperymentów genetycznych – sekwencjonowanie DNA
- wykorzystanie będzie oprogramowania UNICORE
- stworzone zostaną narzędzia do wizualizacji danych medycznych zintegrowanych z przepływami zadań i/lub osadzonych w portalu
- stworzone zostaną narzędzia do przeprowadzania i analizy procesu fałdowania białek.
Zaangażowane instytucje
- Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego
- Centrum Astronomii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu
- Zakład Bioinformatyki i Telemedycyny Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego
Cele
- Cel główny: analiza danych bioinformatycznych.
- Cele specyficzne:
- stworzenie mechanizmów i zasobów do składowania i udostępniania sekwencji DNA
- adaptacja oprogramowania do porównywania sekwencji DNA
- rozwój narzędzi dostępowych (portale, etc.)
Użytkownicy
Docelowo: wszystkie zespoły zajmujące się badaniami DNA.
Wdrożone usługi
Analiza Danych Genetycznych
Analiza Danych Genetycznych II
Składowanie Danych Genetycznych
